Naantalin musiikkijuhlasäätiön toimielimiä ovat valtuuskunta, hallitus ja hallituksen alainen työvaliokunta.

Taiteellinen johtaja

Arto Noras

Toiminnanjohtaja

Tiina Tunturi

Valtuuskunta

Toimitusjohtaja Mikko Rönnholm, puheenjohtaja
Toimitusjohtaja Juha Haapakoski
Pankinjohtaja Irma Hyvärinen
Vuorineuvos Jaakko Ihamuotila
Toimitusjohtaja Keijo Ketonen
Toimitusjohtaja Tapio Kuula
Varatuomari Olli Kyrki
Toimitusjohtaja Matti Lievonen 
Maanviljelysneuvos Risto Lindroos
VTM Paavo Lipponen
Arkkipiispa Kari Mäkinen
Toiminnanjohtaja Hanna Nurminen
Kansanedustaja Petteri Orpo
Koneasentaja Paavo Pensamo
Vuorineuvos Risto Rinne
Toimitusjohtaja Anita Saksi
Säveltäjä Aulis Sallinen
Professori Mika Scheinin
Kuvataiteilija Kristiina Turtonen 
Rehtori Keijo Virtanen
Martti Sipponen, sihteeri

Hallitus

Koulunjohtaja Pekka Ritvanen, puheenjohtaja
Keskusarkistonhoitaja Riitta Alho
FK Heini Jalkanen
YTM Outi Kattelus
Professori Arto Noras
Musiikin lehtori Sirkku Lehtimäki
Kaupunginkamreeri Juha Heinonen, asiantuntijajäsen

Työvaliokunta

Professori Arto Noras, puheenjohtaja
Aluepäällikkö Riikka Suurkaulio
Rehtori Jorma Kauppila
Sivistystoimenjohtaja Irmeli Myllymäki
Toimitusjohtaja Tarja Rautiainen
Koulunjohtaja Pekka Ritvanen
Toiminnanjohtaja Tiina Tunturi